Fuat Sezgin Bitlis'te 24 Ekim'de dünyaya geldi. Ortaokulu ve liseyi Erzurum'da bitirip 1943'te İstanbul'a geldi. Alman şarkiyatçı Helmut Ritter'in öğrencisi olan Sezgin, Rıtter'in tavsiyesi üzerine İslam bilimlerine yöneldi. İstanbul Üniversitesi Edebiyat Fakültesi'ni bitirdikten sonra Arap dili ve edebiyatı üzerine doktora yaptı. İslam bilimler tarihi açısından dünyada tek olma özelliğine sahip 45 bin cilt kitabın bulunduğu İslam Bilim Tarihi Müzesi'ni Frankfurt'ta kurdu. "Buhari'nin Kaynakları" çalışmasıyla 1954'te doçent oldu.